'edit sample ID in vcf file using sed command

I have a vcf file in which ID is represented like this:

GTEX-1117F_GTEX-1117F

I want to edit the ID to look like: only

GTEX-1117F

and exclude other part of the ID for all GTEX values.

 Id GTEX-1117F_GTEX-1117F GTEX-111CU_GTEX-111CU GTEX-111FC_GTEX-111FC GTEX-111VG_GTEX-111VG GTEX-111YS_GTEX-111YS GTEX-1122O_GTEX-1122O GTEX-1128S_GTEX-1128S GTEX-113IC_GTEX-113IC

I tried to use this command:

sed -e '$s/\[[[:digit:]]\+\]//g; s/_GTEX[[:digit:]]\+//g' genotype_chr22_filtered_dosage2.txt > genotype_chr22_filtered_dosage3.txt

This is how my file looks like:

Id      GTEX-1117F_GTEX-1117F   GTEX-111CU_GTEX-111CU   GTEX-111FC_GTEX-111FC   GTEX-111VG_GTEX-111VG   GTEX-111YS_GTEX-111YS   GTEX-1122O_GTEX-1122O   GTEX-
1128S_GTEX-1128S   GTEX-113IC_GTEX-113IC   GTEX-113JC_GTEX-113JC   GTEX-117XS_GTEX-117XS   GTEX-117YW_GTEX-117YW   GTEX-117YX_GTEX-117YX   GTEX-1192W_GTEX-11
92W   GTEX-1192X_GTEX-1192X   GTEX-11DXW_GTEX-11DXW   GTEX-11DXX_GTEX-11DXX   GTEX-11DXY_GTEX-11DXY   GTEX-11DXZ_GTEX-11DXZ   GTEX-11DYG_GTEX-11DYG   GTEX-11
DZ1_GTEX-11DZ1   GTEX-11EI6_GTEX-11EI6   GTEX-11EM3_GTEX-11EM3   GTEX-11EMC_GTEX-11EMC   GTEX-11EQ8_GTEX-11EQ8   GTEX-11EQ9_GTEX-11EQ9   
GTEX-ZVZP_GTEX-ZVZP     GTEX-ZVZQ_GTEX-ZVZQ     GTEX-ZWKS_GTEX-ZWKS     GTEX-ZXES_GTEX-ZXES     GTEX-ZXG5_GTEX-ZXG5     GTEX-ZY6K_GTEX-ZY6K     GTEX-ZYFC_GTEX-ZYFC     GTEX-ZYFD_GTEX-ZYFD     GTEX-ZYFG_GTEX-ZYFG     GTEX-ZYT6_GTEX-ZYT6     GTEX-ZYVF_GTEX-ZYVF     GTEX-ZYW4_GTEX-ZYW4     GTEX-ZYWO_GTEX-ZYWO
     GTEX-ZYY3_GTEX-ZYY3     GTEX-ZZ64_GTEX-ZZ64     GTEX-ZZPT_GTEX-ZZPT     GTEX-ZZPU_GTEX-ZZPU
                                                     
22_20000146_G_A_b37     0       0       0       0       0       0       0       0       0       0       0       0       0       0       0       0       0
       0       0       0       0       0       0       0       0       0       0       0       0       0       0       0       0       0       0       0
       0       0       0       1       0       0       0       0       0       0       0       0       0       0       0       0       0       0       0
       0       0       0       1       0       0       0       0       0       0       0       0       0       0       0       0       0       0       0
       0       0       0       0       0       0       0       0       0       0       0       0       0       0       0       0       0       0       0
       0       0       0       0       0       0       0       0       0       0       0       0       0       0       0       0       0       0       0
       0       0       0
linuxsederror-handlingeditvcf-variant-call-format


Sources

This article follows the attribution requirements of Stack Overflow and is licensed under CC BY-SA 3.0.

Source: Stack Overflow

Solution Source

Related Questions