'Cochran q test RVAideMemoire package
I am having some issues with the Cochran q test from the "RVAideMemoire" package.
My data below:
library(RVAideMemoire)
a <- c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L,
0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L,
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L)
b <- c("0", "1", "0", "1", "1", "0", "0", "1", "1", "0", "1", "1",
"0", "1", "0", "0", "1", "1", "0", "0", "1", "1", "0", "0", "1",
"1", "0", "1", "0", "0", "1", "1", "0", "0", "1", "1", "0", "0",
"1", "1", "0", "0", "1", "0", "0", "1", "1", "0", "0", "1", "0",
"0", "1", "1", "0", "1", "1", "0", "0", "1", "1", "0", "0", "1",
"1", "0", "0", "1", "1", "0", "1", "0", "0", "1", "1", "0", "0",
"1", "1", "0", "0", "1", "1", "0", "1", "0", "0", "1", "1", "0",
"0", "1", "1", "0", "0", "1", "1", "0", "1", "0", "0", "1", "1",
"0", "1", "1", "0", "0", "1", "1", "0", "1", "0", "0", "1", "1",
"0", "0", "1", "1", "0", "0", "1", "1", "0", "1", "0", "1", "0",
"1", "0", "1", "0", "1", "0", "1", "0", "0", "1", "0", "1", "0",
"1", "1", "0", "1", "0", "1", "0", "0", "1", "0", "1", "0", "1",
"1", "0", "1", "0", "0", "1", "0", "0", "1", "0", "1", "0", "1",
"0", "1", "0", "1", "0", "1", "0", "1", "0", "1", "0", "1", "0",
"0", "1", "0", "1", "0", "1", "1", "0", "1", "0", "1", "0", "0",
"1", "0", "1", "0", "1", "1", "0", "1", "0", "1", "0", "0", "1",
"0", "1", "0", "1", "1", "0", "1", "0", "1", "0", "1", "0", "1",
"0", "1", "0", "1", "0", "1", "0", "1", "0", "0", "1", "0", "1",
"0", "1", "1", "0", "1", "0", "1", "0", "0", "1", "0", "1", "0",
"1", "1", "0", "1", "0", "1", "0", "0", "1", "0", "0", "1", "1",
"1", "0", "1", "0", "1", "0", "1", "1", "0", "1", "0", "1", "0",
"1", "0", "1", "0", "1", "0", "1", "0", "1", "0", "0", "1", "0",
"1", "0", "1", "1", "0", "1", "0", "1", "0", "0", "1", "0", "0",
"1", "1", "0", "1", "0", "1", "0", "0", "1", "0", "1", "0", "1",
"1", "0", "1", "0", "1", "0", "1", "0", "1", "0", "1", "0", "1",
"0", "1", "0", "1", "0", "0", "1", "0", "1", "0", "1", "1", "0",
"1", "1", "0", "0", "1", "0", "0", "1", "0", "1", "0", "1", "0",
"1", "1", "0", "1", "0", "1", "0", "1", "0", "1", "0", "1", "0",
"1", "0", "1", "0", "1", "0", "0", "1", "0", "1", "0", "1", "1",
"0", "1", "0", "1", "0", "0", "1", "0", "1", "0", "1", "1", "0",
"1", "0", "1", "0", "0", "1", "0", "1", "0", "1", "1", "0", "1",
"0", "1", "0", "1", "0", "1", "1", "0", "1", "0", "1", "0", "1",
"0", "1", "0", "1", "0", "0", "1", "0", "1", "0", "1", "0", "1",
"0", "1", "0", "1", "1", "0", "1", "0", "1", "0", "0", "1", "0",
"1", "0", "1", "1", "0", "1", "0", "1", "0", "0", "1", "0", "1",
"0", "1", "1", "0", "1", "0", "1", "0", "0", "1", "0", "1", "0",
"1", "0", "1", "0", "1", "0", "1", "1", "0", "1", "0", "1", "0",
"1", "0", "1", "0", "1", "1", "0", "1", "0", "1", "0", "0", "1",
"0", "1", "0", "1", "1", "0", "1", "0", "1", "0", "0", "1", "0",
"1", "0", "1", "0", "1", "0", "1", "0", "1", "1", "0", "1", "0",
"1", "0", "0", "0", "1", "0", "1", "0", "1", "1", "0", "1", "0",
"1", "0", "0", "1", "0", "1", "0", "1")
c <- c("1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1",
"1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1",
"1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1",
"1", "1", "1", "1", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "2",
"2", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "2",
"2", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "2",
"2", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "3", "3", "3", "3", "3", "3",
"3", "3", "3", "3", "3", "3", "3", "3", "3", "3", "3", "3", "3",
"3", "3", "3", "3", "3", "3", "3", "3", "3", "3", "3", "3", "3",
"3", "3", "3", "3", "3", "3", "3", "3", "3", "1", "1", "1", "1",
"1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1",
"1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1",
"1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1",
"1", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "2",
"2", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "2",
"2", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "2",
"2", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "3", "3", "3",
"3", "3", "3", "3", "3", "3", "3", "3", "3", "3", "3", "3", "3",
"3", "3", "3", "3", "3", "3", "3", "3", "3", "3", "3", "3", "3",
"3", "3", "3", "3", "3", "3", "3", "3", "3", "3", "3", "3", "3",
"3", "3", "3", "3", "3", "3", "1", "1", "3", "1", "1", "1", "1",
"1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1",
"1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1",
"1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1",
"1", "1", "1", "1", "1", "1", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "2",
"2", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "2",
"2", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "2",
"2", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "3", "3", "3", "3", "3", "3",
"3", "3", "3", "3", "3", "3", "3", "3", "3", "3", "3", "3", "3",
"3", "3", "3", "3", "3", "3", "3", "3", "3", "3", "3", "3", "3",
"3", "3", "3", "3", "3", "3", "3", "3", "3", "3", "3", "3", "3",
"3", "3", "3", "1", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "3",
"3", "3", "3", "3", "3", "3", "3", "3", "3", "3", "3", "3", "3",
"3", "3", "3", "3", "3", "3", "3", "3", "3", "3", "3", "3", "3",
"3", "3", "3", "3", "3", "3", "3", "3", "3", "3", "3", "3", "3",
"3", "3", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "2",
"2", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "2",
"2", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "2", "2",
"2", "2", "2", "2", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1",
"1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1",
"1", "1", "2", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1",
"1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1")
cochran.qtest(a~b|c)
Unfortunately, I always get the error "Error in cochran.qtest(a ~ b | c) : there must be 1 observation per level of 'b' in each block"
When I try the example provided within the package explanation it runs fine:
response <- c(0,1,1,0,0,1,0,1,1,1,1,1,0,0,1,1,0,1,0,1,1,0,0,1,0,1,1,0,0,1)
fact <- gl(3,1,30,labels=LETTERS[1:3])
block <- gl(10,3,labels=letters[1:10])
cochran.qtest(response~fact|block)
I tried to change my parameters with as.numeric, as.factor, ... but the error persists which is frustrating me.
I really appreciate your help!
EDIT: Based on the comment I checked the following:
table(fact, block)
block
fact a b c d e f g h i j
A 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
B 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
C 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
table(b,c)
c
b 1 2 3
0 90 90 90
1 90 90 90
Which is really puzzling me. As far as I know, Cochran q is an extension of McNemar's test. McNemar's combines everything in a 2x2 matrix, so I would assume the way I have it organized right now is correct?
Solution 1:[1]
remove NA and run again
a[is.na(a)]<-0
b[is.na(b)]<-0
c[is.na(c)]<-0
cochran.qtest(a~b|c)
Sources
This article follows the attribution requirements of Stack Overflow and is licensed under CC BY-SA 3.0.
Source: Stack Overflow
| Solution | Source |
|---|---|
| Solution 1 | suresh |